当时，江东还有吴兴郡没有收复。不过，陈霸先顾不上了，昼夜行军，赶回建康。

建康的情况还在恶化。徐嗣徽、任约的叛乱不是单独事件，事先勾结了北齐。北齐早就对陈霸先攻杀王僧辩拥立萧方智不满，对虚弱的江南虎视眈眈，如今得到叛军相助，岂能错失良机？齐军迅速在绍泰元年（555年）十一月渡江占领姑孰，与石头城的徐嗣徽、任约相呼应。叛军仗着齐军的支持，猛攻台城。陈霸先及时赶到，亲自带兵上阵，打败了叛军。

徐嗣徽、任约大概是怕了陈霸先，留齐军江陵柳达摩守石头城，二人前往采石迎接北齐援军。他们打算联合齐军，再杀回建康。

陈霸先抓住这个难得的空隙，一边组织反攻石头城，一边派遣侯安都偷袭徐嗣徽的老巢秦郡。侯安都一举得手，将在秦郡缴获的战利品，包括徐嗣徽的生活用品，派人送往徐嗣徽。徐嗣徽大为震惊，已经在心理上输了一阵。在建康城中，陈霸先猛攻留守的柳达摩部队，连赢了几场。徐嗣徽、任约引导齐兵一万多人返回建康，增援石头城，被侯安都的水军击败。陈霸先再次猛攻石头城，柳达摩心惊胆战，主动求和。陈霸先虽然赢了几场，但都是战术上的胜利，并没有扭转战场局势。齐军已经登陆江南，又有叛军相助，占据战场优势。因此，陈霸先同意与柳达摩和谈，达成协议：齐军撤出石头城，双方停战；南梁向北齐遣送人质。陈霸先派遣了侄子陈昙朗和梁元帝萧绎的孙子、世子萧方等的长子萧庄两个人渡江北上，作为人质。建康军民屡遭战火，迫切希望和平。陈霸先此举，赢得了建康内外的一片赞扬声。

可是，这只是暂时的休战而已。柳达摩率军撤回后，被高洋处死。在高洋看来，战场优势在自己手里，柳达摩自作主张，放弃了石头城这个重要据点，该杀！不过，高洋也没有立即重启战火，而是利用休战，调兵遣将，以大将萧轨为大都督，会合徐嗣徽、任约等部叛军，准备发起新一轮的猛攻。陈霸先也没闲着，抓紧时间处理江东乱局。幸运的是，侄子陈蒨、大将周文育成功攻杀杜龛，收复吴兴郡，又在第二年初攻破会稽郡，杀死不听命的东扬州刺史张彪。至此，江东地区全部被陈霸先占领，成了他稳固的后方。

北齐的大都督萧轨陆续集合了十万大军，待第二年（太平元年、556年）春寒刚过，就杀向梁山（今当涂附近长江南岸）。陈霸先派侯安都在此驻军，阻击齐军。期间，陈霸先还亲临前线犒军。相持到五月中旬，齐军舍弃梁山，从芜湖出发，走旱路向建康推进，月底即推进到建康城下。台城城墙下都出现了零星的齐军侦察兵。大战的阴霾再次笼罩建康。陈霸先紧密命令梁山的侯安都等军撤回建康，收缩兵力，准备迎接空前激烈的决战。

到六月，建康被数万齐军合围，梁军逐处应战。齐军牢牢掌握着战场主动权，之所以没有发动猛烈的攻城战，主要是因为天气不佳。江南的雨季来了，连日大雨倾盆，平地积水丈余。齐军官兵都是北方人，显然不适应这样的天气，加上守卫在城墙外的营房里，士兵们日夜站在烂泥里，很多人脚趾都泡烂了。饮食也有问题，北方人很难在大雨瓢泼的环境中生火做饭，就算做出了东西也吃得很艰难。台城里面梁军的情况虽然也不乐观，但比齐军要好多了。毕竟梁军都是南方人，没有水土不服的问题。况且台城中建筑完好，排水设施也齐全，梁军官兵可以避雨休息，一场暴雨，使得实力的天平开始出现倾斜。

六月十一日，天气转晴，意味着决战的时刻来了。陈霸先决定让将士们饱餐一顿。城中缺粮，只剩可怜巴巴的一点麦饭。怎么办？总不能让将士们饿着肚子决战。幸而陈蒨从江东运往建康的二千斛米、一千只鸭及时到达。陈霸先大喜，把大米和鸭子都给煮了，又割了许多荷叶，每张荷叶里裹上满满的饭、配上几块香喷喷的鸭肉，发给每位将士饱餐一顿。梁军官兵士气大振。第二天拂晓，陈霸先赤膊上阵，带领官兵们向齐军发动全面反击。小将萧摩诃隶属侯安都麾下，侯安都激他说：“卿骁勇有名，但是千闻不如一见……”萧摩诃不等他说完，朗声说道：“今日让明公一见！”梁军以空前的勇猛，杀向齐军营寨。又累又病的齐军硬着头皮迎战。激战中，侯安都落马，萧摩诃大喝着冲杀过去，救下侯安都。侯安都脱险后，率部绕到敌后包抄齐军。齐军官兵前后受敌，四散溃逃。陈霸先指挥大军大举追击，齐军死伤惨重。数以万计的败军蜂拥到江边，可怜后有追兵、前有天堑，争相逃命，船少人多，因为互相践踏而死或者被江水吞噬的人不计其数。造反的徐嗣徽及其兄弟徐嗣宗被俘，包括大都督萧轨在内的四十六名齐军将领也成了俘虏，只有任约等少数将领侥幸逃脱。逃到长江北岸，清点人数，十万北齐大军只剩下两三万人。齐军伤了元气，丧失了南侵的实力。陈霸先取得了决定性的胜利。

高洋希望赎回俘虏，陈霸先不同意，将被俘的萧轨、徐嗣徽等人斩首号令。十三日，梁军又烧毁齐军遗留的舰船，烈焰冲天。之前的几十年，南梁官民屡次遭北方欺负，只有挨打的份儿，太需要如此辉煌的胜利来振奋人心了。陈霸先威望大涨，高洋恼羞成怒，杀害了充当人质的陈昙朗。

二

南梁最大的危险解除了，原先的内部结构就需要相应调整了。

在此过程中，陈霸先发挥了主要作用，整个朝廷政令覆盖地区都是他用长矛和鲜血重新打拼下来的。萧方智则更多是起到与北方入侵者抵抗时证明南方政权存在的象征性意义。陈霸先在起兵早期地位低微，需要扶持一个皇室成员号召南方军民与外敌作战。但是现在，陈霸先觉得没有必要保持一位虚君了，他是亲自打江山，也要亲自坐江山。于是，陈霸先选择了禅让这一通行的做法。

太平二年（557年）十月，陈霸先晋爵为陈王，以扬州的会稽、临海、永嘉、建安，南徐州的晋陵、信义，江州的寻阳、豫章、安成、庐陵等20个郡建立陈国。萧方智允许陈王陪12旒王冕，建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕。三天后，萧方智就禅位于陈。陈霸先没有做什么退让，就大方地接受了。大臣们也免去了反复敦请的手续烦恼。陈霸先创下了封王之后三天就受禅为帝的纪录。新王朝国号“陈”，继续定都建康。陈霸先就是陈武帝。中国历史上朝代名和皇帝的姓氏重合的，仅此一家。

陈霸先封萧方智为江阴王，在江阴郡建国，全食一郡，行梁正朔，车旗服色，一如既往逊帝的待遇。也和往常一样，陈霸先没有让萧方智继续存活多久。558年，陈霸先派亲信刘师知去杀萧方智。萧方智躲避士兵的屠杀，绕床而跑。他边跑边哭喊：“我本不愿当皇帝。陈霸先非要我即位，现在又要杀我，这是为什么啊？”这位16岁的逊帝最后还是被士兵们乱刀砍死。陈霸先的行事没有丝毫的掩盖，倒也显得干脆利落。萧方智死后，被追谥为“梁敬帝”。萧季卿袭爵江阴王。江阴国传国至陈末。

明末清初的思想家王夫之研究君权的禅代问题。他的一个观察角度就是从政治道德上分析开国君主的人格品性。对于陈霸先，王夫之认为他的政治道德要高于魏、晋、齐、梁等朝开国君主：“陈高非忠于萧氏，而保中国之遗民，延数十年以待隋之一统，则功亦伟矣哉！”我们不能排除当时陈霸先完全没有私心，但他以敢死之心，东征西讨，客观上使南方免于战火。他的征战基本上是符合南方百姓的愿望的。陈霸先虽然篡夺了梁朝，但是梁朝的最后阶段完全是陈霸先自己打拼出来的。他的处境就类似于曹操，天下明明是我的天下，却要树原先主人的旗号。陈霸先与曹操不同的是，他扯下了这面旗帜，自己光明正大地做起了皇帝。从这一点上来说，陈霸先可谓是南朝各代开国君主中最伟岸正大的。